home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Gold Medal Software 3 / Gold Medal Software - Volume 3 (Gold Medal) (1994).iso / windows / misc / ibasedm1.arj / BASEREAD.ME next >
Text File  |  1992-07-07  |  12KB  |  300 lines
  1. 7/1/92
  2.  
  3. ====>  READ.ME File for ISIS/Base Version 1.01 (Microsoft Windows)  <====
  4.  
  5. This document provides information about the following topics:
  6.  
  7.     - Changes to the installation procedure
  8.     - Location of preferences file
  9.     - Transferring Macintosh form files to the PC
  10.     - Transferring data from floppy disks
  11.     - True Type fonts
  12.     - Documentation corrections
  13.     - Known limitations of ISIS/Draw Version 1.01
  14.  
  15.  
  16. 1. CHANGES TO THE INSTALLATION PROCEDURE:
  17.  
  18. In the "Installation & Orientation" manual, replace all references
  19. to ISIS/Base 1.0 with ISIS/Base 1.01.
  20.  
  21. Your Windows directory must be on the DOS PATH statement in your
  22. AUTOEXEC.BAT file for the installation procedure on pages 2-6 and
  23. 2-7 to work.
  24.  
  25. Before the installation program installs ISIS/Base Version 1.01,
  26. it verifies that you have sufficient disk space to store the
  27. program and support files. The installation only proceeds if
  28. sufficient space is available.
  29.  
  30. If you have a previous version of ISIS/Base in your ISIS
  31. directory, the installation program warns you that you will be
  32. overwriting the previous installation. If you choose to proceed,
  33. the installation program asks if you want to overwrite the
  34. existing ISISBASE.CFG file (which stores your preferences). If
  35. you have customized this file, do not overwrite it.
  36.  
  37. Also, if you created an AUTOBASE.EPL file for use with ISIS/Base
  38. 1.0, you must recompile the AUTOBASE.EPL file with ISIS/PL 1.01
  39. to be compatible with ISIS/Base 1.01.
  40.  
  41. IF, AND ONLY IF, you have the IBM PS/2 Color Monitor Type 8514,
  42. perform the  following steps after Step 15 on page 2-7:
  43.  
  44.     1. Change to the drive and directory where you installed ISIS.
  45.     2. At the DOS prompt, enter the following two commands:
  46.  
  47.            COPY BASEICON.FON BASEICON.SAV
  48.            COPY 8514BASE.FON BASEICON.FON
  49.  
  50.  
  51. 2. LOCATION OF PREFERENCES FILE: Your preference settings for
  52. ISIS/Base are stored in a file named ISISBASE.CFG. When you start
  53. ISIS/Base 1.01, it searches your Windows directory for the
  54. ISISBASE.CFG file. If it cannot find the file, it searches your
  55. ISIS 1.01 directory. When you save preferences, ISIS writes the
  56. preference settings to the ISISBASE.CFG file that it last read.
  57. If ISIS cannot find an ISISBASE.CFG file, it creates one in your
  58. Windows directory when you save preferences.
  59.  
  60.  
  61. 3. TRANSFERRING MACINTOSH FORM FILES TO THE PC:  Always use the
  62. Text Translation setting in the Apple File Exchange to transfer
  63. Macintosh form  files to the PC format. Activate the Replace CR with
  64. CR/LF check box, and set the Special Characters and Tab
  65. Characters radio buttons to Neither. DO NOT USE THE DEFAULT
  66. TRANSLATION SETTING. If you use the Default Translation setting,
  67. your PC will freeze when you try to import the  form file. (CW-3031)
  68.  
  69.  
  70. 4. TRANSFERRING DATA FROM FLOPPY DISKS:  When you read a file
  71. from (or save a file to) a floppy disk, reset the current drive
  72. back to your hard disk BEFORE you remove the floppy disk from
  73. the disk drive. To reset back to  your hard disk, choose Open
  74. Database from the File menu. In the Directories box, navigate
  75. back to the hard-disk drive, and then click Cancel. (CW-2852)
  76.  
  77.  
  78. 5. TRUE TYPE FONTS: If you created forms in ISIS under Windows 3.0
  79. and then upgraded to Windows 3.1, you may see clipped text due to
  80. incompatible fonts in the Windows versions. When you retrieve the
  81. Windows 3.0 forms into ISIS, restyle the text to any of the available
  82. Windows 3.1 fonts.
  83.  
  84. However, the True Type fonts available with Windows 3.1 do not map
  85. accurately from screen to paper. These fonts typically print
  86. 5-10% wider on paper than they appear on the screen. We recommend
  87. that you stretch text boxes by 10% to prevent text clipping when
  88. you print. (CW-4706)
  89.  
  90.  
  91. 6. DOCUMENTATION CORRECTIONS:
  92.  
  93. SEARCHING FOR DOUBLE QUOTES IN TEXT STRINGS: Page 8-5 in the
  94. "ISIS/Base Database Searching" manual incorrectly states that to
  95. search for a double quote inside of a text string, type the
  96. double quote twice. (CW-4500)
  97.  
  98. To include a double quote in a text string, enclose the text string
  99. in single quotes. To include a single quote in a text string,
  100. enclose the text string in double quotes. For example:
  101.  
  102.     To retrieve the text string:        Use the query:
  103.  
  104.             aa"a                    = 'aa"a'
  105.             aa'a                    = "aa'a"
  106.  
  107. ATOM-VALUE SEARCHING: Pages 3-12 and 3-13 in the "ISIS/Base
  108. Database Searching" manual incorrectly state that you can search
  109. for numeric values associated with individual atoms. This
  110. function is not available. (CW-3436)
  111.  
  112. RESEQUENCING THE ORDER OF BOXES AND TABLES IN A FORM: The
  113. procedure on page 2-44 in the "Form & Database Maintenance"
  114. manual incorrectly implies that you can resequence the order in
  115. which boxes and tables display data. Resequencing the form only
  116. affects the order in which the cursor moves when you press the
  117. Tab key to enter data for registration or searching. (CW-4460)
  118.  
  119. Also, Step 9 on page 2-45 incorrectly implies that you can press
  120. the Tab key to move from a table to a box or other table. You can
  121. use the Tab key to move from box to box, or from a box to a table,
  122. or from column to column within a table. But the Tab key cannot move
  123. the cursor outside of a table. To move the cursor outside of the
  124. table, you must click the next box or table with the mouse. (CW-4462)
  125.  
  126. CORRECTIONS TO ISIS/BASE DATABASE SEARCHING:
  127.  
  128. On pages 8-4 and 8-9, it states, "You can use the = operator to
  129. search for integers, text strings, and molecular formulas." You
  130. can also use the = operator to search for real numbers and dates.
  131.  
  132. On the following pages, replace the word "catalyst" with the
  133. word "catalyst_link":
  134.  
  135.     - Step 10, pages 8-24 and 8-25
  136.     - Step 3, page 8-26
  137.  
  138. On the following pages, replace the word "mol.weight" with the
  139. word "*mol.weight_molstructure":
  140.  
  141.     - Step 8, page 8-18
  142.     - Step 14, page 8-19
  143.  
  144. On the following pages, replace the word "molformula" with the
  145. word "*fmla_molstructure":
  146.  
  147.     - Step 12, page 8-19
  148.     - Step 14, page 8-19
  149.  
  150. In Step 10 on page 8-24, change the query to:
  151.  
  152.     CATALYST_LINK>MOL>*fmla_MOLSTRUCTURE like "Na" and yield > 90
  153.  
  154. If you build the query by double-clicking the components in the
  155. list boxes, the query text box (Step 10, page 8-25) contains:
  156.  
  157.     RXN>VARIATION>CATALYST_LINK>MOL>*fmla_MOLSTRUCTURE LIKE 
  158.     "Na" AND RXN>VARIATION>PRODUCT>YIELD > 90
  159.  
  160. In Step 3 on page 8-26, change the query to:
  161.  
  162.     VARIATION(CATALYST_LINK>MOL>*fmla_MOLSTRUCTURE like "Na" and
  163.     RXN>VARIATION>PRODUCT>YIELD > 90)
  164.  
  165. If you build the query by double-clicking the components in the
  166. list boxes, the query text box (Step 3, page 8-26) contains:
  167.  
  168.     VARIATION(RXN>VARIATION>CATALYST_LINK>MOL>*fmla_MOLSTRUCTURE
  169.     LIKE "Na" AND RXN>VARIATION>PRODUCT>YIELD > 90)
  170.  
  171.  
  172. CORRECTIONS TO ISIS/BASE FORM & DATABASE MAINTENANCE:
  173.  
  174. In Step 4 on page 2-35, replace the word "Procedure" with the
  175. words "PL Function". Also change the paragraph following Step 4
  176. to "The PL function must be  loaded into memory before it is
  177. called."
  178.  
  179. In Step 2 on page 3-18 and on page 6-6, replace the words "Save
  180. File" with "Save Index File".
  181.  
  182. CORRECTIONS TO ISIS/BASE POWER SEARCHING:
  183.  
  184. In Step 2 on page 4-6, replace the similarity value 20 with the
  185. similarity value 1. In Step 4, replace the similarity value 70
  186. with the similarity value 20.
  187.  
  188.  
  189. 7. KNOWN LIMITATIONS OF ISIS/BASE VERSION 1.01
  190.  
  191. FLOATING BOXES IN FORMS:
  192.  
  193. If the Filter Search Results option in the Preferences dialog box
  194. is on (checked), the  data displayed in floating boxes may not be
  195. properly associated with the reactant or product structures. To
  196. switch Filter Search Results off, choose Preferences from the
  197. Option menu, and then click the Filter Search Results check box
  198. to uncheck it. (CW-2184)
  199.  
  200. Floating boxes do not scroll data. The first data value retrieved
  201. for a floating box remains, even when you scroll other display
  202. boxes to view different subrecords. (CW-2350)
  203.  
  204. CALCULATIONS IN FORMS:
  205.  
  206. Operators of equivalent priority (+, -) and (*, /) are evaluated
  207. right to left. You must use parentheses to clarify the desired
  208. order of operation. (CW-2857, CW-2854)
  209.  
  210. SCALING STRUCTURES TO FIT FORM BOXES:
  211.  
  212. If you choose to display hydrogen labels or atom numbers on
  213. structures (defined by the preferences Hydrogen Labels and Atom
  214. Numbers) some structures may not fit into a structure box, even
  215. when the preference Structure Scaling is set to Fit Box. (CW-2336)
  216.  
  217. RESTORING SAVED QUERIES:
  218.  
  219. If you save a Search by Form query and then modify the form, you
  220. may see a  message telling you that your query is incompatible
  221. when you try to restore it  to the modified form. In this case,
  222. you must re-enter your query. (CW-2177)
  223.  
  224. HIGHLIGHTING QUERY IN SEARCH HITS:
  225.  
  226. ISIS/Base allows you to highlight your query structure within the
  227. structures  retrieved. However, this feature is not available
  228. for remote reaction  databases. (CW-2782)
  229.  
  230. IMPORTING DATA INTO A REMOTE DATABASE:
  231.  
  232. To import an SDfile or RDfile into a remote database, the check
  233. box for Auto Match Field Names must be off. Because field names
  234. are not matched automatically, you must you specify an external
  235. name for every field that you want to import. (CW-2781, CW-2883)
  236.  
  237. You cannot import data into the line-no fields of a remote database.
  238.  
  239. You cannot register structures to the product and reactant
  240. structure fields in a remote database; these fields are
  241. automatically filled when you register the reaction structure.
  242.  
  243. EXPORTING DATA FROM AN ISIS/BASE TABLE:
  244.  
  245. When you export data from an ISIS/Base table, only the text is
  246. written to the file. Default data is not written to the file.
  247. This includes dates, calculations, and text strings. (CW-2223)
  248.  
  249. IMPORTING/EXPORTING SUBSTANCE MODULE FEATURES:
  250.  
  251. When you import structures that contain Substance Module features
  252. from an SDfile into a local ISIS database, ISIS/Base strips away
  253. the Substance module features. To record those structures that
  254. were stripped before registration, activate the Transaction Log
  255. before you import the SDfile.
  256.  
  257. When you import a molfile that contains Substance Module
  258. features, ISIS/Base warns you that none of these features will be
  259. displayed.
  260.  
  261. When you export a remote database to a local database, any
  262. structures that contain Substance Module features are registered
  263. into the local database as no structures.
  264.  
  265. CHANGING PRINTERS:
  266.  
  267. If you use the Control Panel to change default printers, and then
  268. try to print immediately in ISIS/Base, the PC hangs. To avoid
  269. this problem, choose Page Setup from the File menu in ISIS/Base
  270. BEFORE you print. Click Cancel or OK. ISIS/Base now recognizes
  271. the new printer. (CW-4767)
  272.  
  273. PRINTING LIMITATIONS:
  274.  
  275. HP LaserJet IIP/III: Limitations in the printer driver cause some
  276. fonts to be clipped. Stretch the text box to avoid clipping. (CW-3153)
  277.  
  278. HP DeskJet 500C: Limitations in the printer driver cause some
  279. colored objects to not print in color. (CW-4525, CW-4536,
  280. CW-4526) If you use the Black only mode to print, outline boxes
  281. appear around text strings. We recommend that you use the color
  282. cartridge with the Color/Composite Black print mode or the
  283. HP DeskJet Family printer driver (not the HP DeskJet Series
  284. v2.0 driver) to print. (CW-4709)
  285.  
  286. WINDOWS 3.1 ITALIC FONTS: The following Windows 3.1 fonts do not
  287. print in italic style on PostScript printers: Fixedsys, Courier,
  288. Fences, ME Extra, MT Symbol, MS Sans Serif, Small Fonts, and True
  289. Type Symbol. On PostScript printers, the italicized fonts print
  290. in plain style.  These fonts are correctly printed in italic
  291. style on the HP DeskJet 500C printer if you use the HP DeskJet
  292. Family printer driver. (CW-4763)
  293.  
  294. 8. KNOWN LIMITATION IN AMI PRO
  295.  
  296. You can paste an ISIS structure into Ami Pro. You can also cut a 
  297. structure out of Ami Pro, but after you use the CUT command, do
  298. NOT use the UNDO command for any reason or it will cause a fatal
  299. error in Ami Pro. (CW-4857)
  300.